博士班課程設計原則
博士班設立之宗旨，在培養有志於公共行政領域從事學術工作之新血，並在教學相長之效果下，深化研究、創造知識，進而運用以知識為基礎所產生之力量，達成改善政府效能、提昇人民福祉之終極目標。在此宗旨前提下，本系博士班有三個發展方向與四個發展重點。三個發展方向分別為：（一）科技整合的教學；（二）國際接軌的研究；（三）創造變革的服務。而四個發展重點則是：（一）行政民主化；（二）管理專業化；（三）政策本土化；（四）分析精緻化。
本博士班課程設計分成必修核心課程與選修課程。研究生除9學分之博士論文外，必須修滿至少39個學分，包含20個必修核心課程學分，及19個選修學分。
一、必修課程簡介
必修核心課程之設計，旨在提供博士班學生未來從事公共行政領域教學與研究工作之重要基礎。必修核心課程六門，各3學分，包括四門理論課程與兩門方法課程：（一）公共行政理論發展專題；（二）公共經濟學理論發展專題；（三）公共管理理論發展專題；（四）公共政策理論發展專題；（五）量化研究專題；（六）質化研究專題。六門必修課之內容簡介如後：
(一)公共行政理論發展專題（Seminar in the Intellectual Developments of Public Administration） 本課程的目的在於針對公共行政的思想精髓提供一個全面性的回顧。課程的焦點集中於公共行政理論與實務的歷史演進過程，特別著重於探討公共行政所處之政治系絡及其公共性。課程主要內容包含：（1）公共行政的定義；（2）公共行政的研習架構；（3）公共行政的典範轉移；（4）公共行政的研究途徑；（5）公共行政與民主政治之間的關係；（6）公共行政的經典論著；（7）美國公共行政學術社群現況；（8）台灣公共行政學術社群現況；（9）公共行政的未來發展方向。修習本課的學生預期將可熟悉公共行政的知識架構，並能對公共行政的核心議題產生正確的認識。
(二)公共經濟學理論發展專題（Seminar in the Intellectual Developments of Public Economics） 本課程設計旨在藉由個體經濟學的分析工具，探討政府的角色、功能與財政收支。主要課程內容包括：（1）市場機能與福利經濟學；（2）市場失靈與政府角色；（3）公共選擇與政策制定；（4）成本效益分析與公共支出；（5）公共收入、公債與預算；（6）地方財政與財政收支劃分；（7）制度、組織與管理等。本課程將讓同學從經濟學的思維與觀點，重新檢視公共行政與管理議題，同時培養公共政策分析所需的經濟學基礎。
(三)公共管理理論發展專題（Seminar in the Intellectual Developments of Public Management） 本課程旨在探討公共部門如何組織與管理其政治系統、機關、計畫和活動以獲致公共目的。內容主要包括三部分：（1）公共管理的系絡—含全球化、策略管理與變革途徑；（2）公共管理的治理邏輯—含治理能力、治理模式與治理結構；（3）公共管理的核心系統—含公共部門設計、策略訂定、課責（accountability）系統、資源分配系統、價值與文化、領導，以及社區、政客與公共部門的三角關係等七項子系統。修習本課程的學生將可從概念分類到系統性省思的各種理論架構，瞭解國家整建的因果緣由，並且亦能清晰地掌握當前全球性的許多變革風潮與所引發議題的脈絡。
(四)公共政策理論發展專題（Seminar in the Intellectual Developments of Public Policy）
本課程旨在幫助同學瞭解公共政策學術研究的發展歷程與知識基礎。課程主要內容包含：（1）公共政策定義與意涵；（2）政策議題設定，特別著重深入探討媒體、民意與公共政策之互動關係；（3）政策規劃與政策分析；（4）政策合法化，特別著重深入探討國會運作與公共政策決策模型；（5）政策執行與網絡管理；（6）政策評估與實驗設計；（7）公共政策研究實例；（8）公共政策學術發展的回顧與批判。修完本課程後之同學應具備開授公共政策相關課程的基本學識，並有能力針對公共政策相關課題進行學術研究。
(五)量化研究專題（Seminar in Quantitative Research）
本課程旨在介紹量化研究的理論基礎、具體方法與量化資料分析策略。課程首先將集中於多元迴歸分析（multiple regression analysis）的原理，其次將介紹因素分析（factor Analysis）、Logit與Probit模型、集群分析（cluster analysis），與因徑分析（path analysis），輔以探討這些多變量分析方法在公共政策與管理上的應用，並從方法論（methodology）的層次進行反思與批判，以培養同學閱讀與撰寫量化研究論文的能力。
(六)質化研究專題（Seminar in Qualitative Research）
本課程旨在介紹質化研究的理論基礎、具體方法與質性資料分析策略。目的在教導學生了解不同質化研究方法之觀點與做法、及其在質性資料分析上的應用，包括訓練學生進行深度訪談、參與觀察、內容分析、焦點座談及Q方法等技巧，並訓練學生應用相關質化研究軟體（nudist）進行質性資料之蒐集、分析與質化報告之完成。